A história começa com Goku avô, Gohan com uma filha, a Pan, e Trunks e Goten já adultos. Pilaf, após reunir as sete Dragon Balls, vê Goku adulto e diz sem pensar que era bem melhor quando o Goku era pequeno. Shenlong, o dragão, ouviu isso e achou que era esse o desejo de Pilaf. Com isso, Goku voltou a ser criança. Aí começa a saga de Goku e seus amigos a procura das Dragon Balls universais de planeta em planeta, com o auxílio do Dragon radar, um radar que detecta as Dragon balls. Tudo andava bem até que um dia encontraram Gill, um robô comedor de metais. Esse robô comeu o Dragon radar e Goku e seus amigos tiveram que levar Gill com eles, porque sem o radar não poderiam seguir em frente. Goku, Pan, Gill e Trunks foram desde planetas desertos até planetas onde vivem gigantes. Num certo dia, Goku e sua turma pararam em um planeta onde que encontraram Baby, um bebê de uma raça que odiava Saiyajins. Odiava por um simples motivo: os Saiyajins destruíram todo o planeta deles. Os Saiyajins eram um povo bárbaro e nômade, que invadiam planetas. Um certo dia invadiram o planeta de Baby. Esse planeta tinha uma alta tecnologia e por isso, resolveram ficar com os aparelhos, como naves, visores de combate, etc. Com isso, essa raça se extinguiu e quem sobrou foi Baby, guardado num reservatório. Um cientista decidiu tirar Baby do reservatório para ele destruir Goku e todos os outros Saiyajins. Depois de livre, Baby ficou seguindo Goku e os outros e os atrapalhando na missão deles de encontrar as sete Dragon balls universais. Baby vai à Terra e começa a lutar com Gohan e Goten. Após ter controle total sobre a Terra e sobre seus habitantes, Baby entra no corpo de Vegeta.
Os únicos que não ficaram sobre controle de Baby foram a Pan, Goku (que haviam acabado de chegar na Terra), Kaioshin, Dai Kaioshin, Satan, MajinBoo e Ubu. MajinBoo, vendo que ninguém tinha chance contra Baby-Vejeta, se matou para dar mais força para Ubu. Enquanto isso, Goku estava com Dai Kaioshin e Kaioshin para tirarem o seu rabo, com isto ele se transformava em macaco e, depois, em Super Saiyajin 4. Ubu, após uma tentativa fracassada de atacar Baby-Vejeta, foi transformado em chocolate por ele. Goku ficou furioso com o que viu e foi lutar com Baby-Vejeta. Goku virou um macacão e começou a contemplar a Lua. Depois, virou Super Saiyajin 4. Bulma, sob o controle de Baby, o transformou em um macacão também, através de um equipamento de alta tecnologia. Após uma dura batalha, Goku conseguiu derrubar Baby-Vejeta e com um kamehamehá retirou o rabo de Vegeta. Com isso, Vegeta voltou ao normal e Baby logo depois saiu correndo da Terra como um covarde. Goku, bem esperto, esperou Baby passar em frente ao Sol e mandou um kamehamehá para que Baby e sua nave fossem em direção ao Sol.
Mas com a morte de Baby, o mundo não foi salvo ainda. Começaram terremotos e erupções vulcânicas. Isso estava acontecendo porque após alguém juntar todas as Dragon Balls universais num planeta, esse mesmo terá que juntar de novo num prazo de um mês, senão o planeta explode. Infelizmente, alguém roubou uma Dragon Ball. A Terra explodirá. Para impedir a tragédia de toda a população da Terra morrer na explosão, Goku, Kaioshin e os outros decidem levar toda população da Terra para um outro planeta. A transferência da população foi um sucesso, mas, infelizmente, um menino ficou lá na Terra. Piccolo conseguiu, com ajuda de Goku, teletransportar o menino para a nave que iria levá-los para o outro planeta. Goku conseguiu também, mas Piccolo não teve forças o suficiente para se teletransportar e explodiu junto com a Terra. Para conseguir a Terra de volta, Goku e os outros foram até o planeta Namek, juntar as Dragon balls de lá para pedir a Terra em perfeitas condições. O dragão de Namek realizou o pedido e tudo voltou ao normal, mas agora sem Piccolo. Depois de todos esses problemas, começa o Tenkaichi Budokai. Goku, como está pequeno, foi para a classe de torneio infantil. Como começou outro torneio, Satan se lembrou de Boo, seu melhor amigo que morreu para dar mais forças a Ubu. Luta vai, luta vem e a final foi Ubu contra Satan. Goku, Pan, Trunks e o resto do pessoal estavam preocupados porque Ubu poderia matar Satan. Quando a luta começou, Ubu começou dar uma seqüência de golpes espetacular que derrubou Satan. Quando Ubu foi dar o golpe final em Satan (que poderia matá-lo), o espírito de Boo que estava adormecido em Ubu, disse para ele que ele não matasse Satan, para deixar Satan ganhar, porque ele é o herói dos humanos. Ubu ficou paralisado. Aproveitando a oportunidade, Satan deu um soco e Ubu voou (se jogou) longe.
No inferno, o Dr. Gero (quem construiu os andróides) e o Dr. Myuu (quem cuidava de Baby) se encontraram e decidem fazer um andróide artificial do nº17.
Eles decidiram abrir um portal para a terra, para matar Goku. Vários inimigos mortos por Goku e os outros voltaram para o mundo dos vivos e espalharam caos. Enquanto os outros lutadores lutavam com os inimigos vindos do inferno, Goku entrou no inferno pelo portal. O portal se fecha e Goku se depara com Cell e Freeza juntos e os dois começam a lutar com Goku.
Enquanto isso, na terra,
Kuririn e sua esposa
lutam contra o terrível Super Andróide Nº17. Kuririn acaba morrendo. No inferno, Goku acabou vencendo Cell e Freeza e voltou para a Terra. Na Terra, Goku e a Andróide Nº18 começam a lutar com o Nº17.
A Andróide Nº18 começou a jogar muitos raios no Nº17 e Goku, simultaneamente com os raios, soltou o Ryuukenbakuhatsu e assim, destruiram o Super Andróide Nº17. Goku e sua turma juntam as 7 Dragon balls para trazer Kuririn de volta à vida, mas algo de estranho acontece: as Dragon balls se racham e fumaças negras começam a escurecer o céu e um imenso dragão negro aparece.
Mas esse dragão não era Shenlong, era uma versão maligna de Shenlong. Esse dragão se dividiu em sete pequenos monstros: e cada monstro tinha uma Dragon Ball novinha em folha dentro de seu corpo. Esses seres começaram a destruir tudo que viam, até Goku e Pan resolverem quebrar a cara deles. O primeiro monstro que Goku e Pan encontram é o Ryan-Shenlong.
Ele era o dragão da poluição e tinha a Dragon Ball de 2 estrelas em seu corpo, mas não era páreo para Goku e Pan, que conseguiram recuperar a Dragon Ball de 2 estrelas. Seguindo pelo Dragon Radar, Pan e Goku encontram Uu-Shenlong, o dragão da eletricidade.
Mas Uu-Shenlong era enfraquecido pela chuva e foi destruído quando chovia. Assim, Goku e Pan conseguiram a Dragon Ball de 5 estrelas. O próximo que Pan e Goku encontram é o Ryuu-Shenlong, o dragão que possui o poder dos furacões e que está com a sexta Dragon Ball.
Mas, facilmente, Goku o derrota, acertando em sua cabeça, o seu ponto fraco. Agora é a vez de Chii-Shenlong lutar com Pan e Goku. Pan acaba sendo enganada por Chii-Shenlong e é aprisionada por ele.
Goku acaba resgatando sua neta e destrói Chii-Shenlong. Assim, as Dragon balls com 6 e 7 estrelas foram recuperadas. Goku e Pan encontram Suu-Shenlong, que está com a Dragon Ball de 4 estrelas. Suu-Shenlong convida Goku para uma luta.
Assim, Goku e o monstro começam a lutar. No meio da luta aparece San-Shenlong, o dragão que possui o poder do gelo e a terceira Dragon Ball.
San-Shenlong era irmão de Suu-Shenlong e queria entrar no meio da luta entre ele e Goku. Mesmo por ser zombado de seu irmão por perder a honra, San-Shenlong luta com Goku e é derrotado. Assim, a luta de Suu-Shenlong e Goku continua. A luta é novamente interrompida quando Suu-Shenlong é derrotado por Ii-Shenlong, o dono da Dragon Ball de uma estrela. Goku o derrota em forma de Super Saiyajin 4 mas o dragão sobrevive.
Ii-Shenlong derrota Pan e rouba as outras Dragon Balls. Ii-Shenlong se torna mais poderoso quando ele se funde com as Dragon balls restantes.
Bulma, com aparelhos de alta tecnologia, conseguiu transformar Vegeta em Super Saiyajin 4 para ajudar Goku, mas os dois juntos não conseguiram derrotar Ii-Shenlong. Então os dois tiveram a idéia de se fundirem.
Mas mesmo Goku e Vegeta fundidos não conseguiram derrotar Ii-Shenlong. A fusão de Goku e Vegeta acabou e Goku começa a se sentir fraco. Goku tenta fazer a Genkidama, mas percebe que tirar forças só da Terra não destruirá Ii-Shenlong. Goku resolve então tirar força da Terra e de todos os planetas que ele foi desde o começo da série. Com isso, ele consegue uma bola de energia gigante e assim, destrói Ii-Shenlong. Mas algo está errado. Shenlong, o dragão original das Dragon Balls, aparece sem ser invocado e diz que não vai mais conceder desejos.
Goku acaba convencendo Shenlong a conceder o seu último desejo: que todas pessoas mortas nessa última batalha, inclusive Kuririn, voltassem a vida. Após isso, Shenlong convida Goku para voar em suas costas. Goku aceita. Chi-Chi prepara uma banquete para todo mundo, enquanto Goku voa com Shenlong. Nas costas de Shenlong, as Dragon Balls são absorvidas pelo corpo de Goku e assim, Goku desaparece. Shenlong voa para o alto e desaparece também.
